Solid Tumors

del(19q)

inv(1)(q21q23) TPM3/NTRK1

t(1;1)(p36;p36) RERE/SLC2A5

t(1;1)(p36;p36) UBR4/ATP13A2

t(1;1)(p36;p34) RLF/FAM132A

t(1;1)(p36;p36) PRKCZ/SKI

inv(2)(p23q35) ATIC/ALK

del(8)(q12q24) HAS2/PLAG1

t(1;2)(q21;p23) TPM3/ALK

t(1;1)(p34;q44) SMYD3/ELOVL1

t(1;3)(p36;q25) WWTR1/CAMTA1

inv(1)(q23q31) TPR/NTRK1

del(1)(p36p36) RERE/PIK3CD

del(8)(q13q21) HEY1/NCOA2

t(1;1)(q21;q21) GATAD2B/PRKAB2

t(1;2)(p35;q37) ZBTB8B/TRAF3IP1

t(1;2)(p12;p16) REL/MAN1A2

t(1;1)(p36;p34) ARHGEF16/TCTEX1D4

del(11)(p15p15) PIK3C2A/TEAD1

t(1;2)(p12;p15) PHGDH/WDPCP

t(1;3)(p34;q26) ATP11B/POU3F1

t(1;10)(p22;q24) FGF8

t(1;3)(p34;q26) OSCP1/SOX2-OT

t(1;3)(p33;q29) TFRC/NSUN4

t(1;1)(p36;p34) RLF/UBE2J2

t(1;4)(p31;q22) BMPR1B/ALG6

t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1

t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1

inv(12)(q13q13) NAB2/STAT6

t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1

t(1;5)(p34;q31) CTNNA1/HEYL

t(1;17)(p34;p13) THRAP3/USP6

t(1;5)(q25;p13) DARS2/ZFR

t(1;1)(p35;p35) SRSF4/SNRNP40

t(1;1)(p35;p35) SERINC2/ZCCHC17

inv(1)(p34p34) BMP8B/RLF

t(1;8)(p36;q21) SLC7A13/WDTC1

t(1;22)(q23;q12) EWSR1/PBX1

inv(2)(p21p23) EML4/ALK

t(1;1)(p34;p32) FGGY/TESK2

t(1;2)(q25;p23) TPM3/ALK

t(2;2)(p23;q13) RANBP2/ALK

t(2;2)(p23;q36) PAX3/NCOA1

t(1;1)(p13;p12) IGSF3/MAN1A2

t(1;8)(p32;q24) NRD1/KCNK9

t(1;1)(p13;p12) VANGL1/HAO2

t(1;9)(p33;p13) KIF24/FAAH

t(1;10)(p32;q21) CDK1/USP24

inv(1)(p34p34) CAP1/BMP8B

t(1;10)(p31;p14) SFMBT2/PRKACB

inv(1)(p34p34) RLF/PPT1

t(1;10)(q32;q22) TMEM206/PSAP

del(16)(q24q24) USP10/ZDHHC7

t(1;1)(q24;q24) CD247/GPR161

t(1;6)(p32;q14) ZFYVE9/CGA

t(1;6)(q21;q22) TPM3/ROS1

t(2;11)(p23;p15) CARS/ALK

t(2;11)(q37;q13)

t(2;11)(p23;p15) CARS/ALK

t(1;1)(p34;p34) CAP1/MACF1

t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1

t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1

inv(2)(p23q35) ATIC/ALK

t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1

t(1;19)(q23;p13) TCF3/PBX1

t(1;11)(p31;q24) ETS1/NEGR1

t(2;12)(p23;p11) PPFIBP1/ALK

inv(22)(q12q12) EWSR1/PATZ1

t(2;17)(p23;q23) CLTC/ALK

t(1;12)(q25;p12) HMCN1/ETNK1

t(1;16)(q21;p12) CCP110/GOLPH3L

t(2;17)(p23;q23) CLTC/ALK

inv(X)(p11p11) BCOR/CCNB3

t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK

t(2;2)(p23;p22) STRN/ALK

t(1;10)(p22;q24) FGF8

t(2;22)(q31;q12) EWSR1/SP3

t(2;22)(q34;q12) EWSR1/CREB1

t(1;17)(p21;q25) UNK/DPYD

t(1;1)(p34;p34) INPP5B/SF3A3

inv(2)(p21p23) EML4/ALK

t(1;1)(p34;p34) RLF/MYCL

t(1;17)(p12;q11) ALDOC/MAN1A2

t(1;21)(p35;q22) ITSN1/MATN1

del(2)(p21p23) EML4/ALK

t(1;1)(q32;q32) SLC45A3/ELK4

t(2;2)(p25;p25) ROCK2/SH3YL1

inv(1)(p34p34) RLF/MYCL

t(2;2)(p24;p23) GPN1/KLHL29

t(3;12)(q27;q15) HMGA2/LPP

t(1;12)(p32;q14) PPAP2B/HMGA2

t(1;12)(p32;q14) PPAP2B/HMGA2

t(1;1)(p34;p34) RLF/COL9A2

inv(2)(p21p23) EML4/ALK

t(1;1)(p34;p34) RLF/SMAP2

t(3;17)(q21;p13) CNBP/USP6

t(1;1)(p34;p34) SF3A3/GNL2

del(2)(p21p23) EML4/ALK

t(2;2)(p21;p21) THADA/EML4

t(2;2)(p16;p23) PSME4/PPP1CB

t(1;21)(q32;q22) SLC45A3/ERG

t(2;2)(p15;p15) EHBP1/FAM161A

t(2;2)(q21;q21) GPR39/MGAT5

t(2;2)(q21;q24) ACVR1C/MGAT5

t(2;2)(q23;q35) TNS1/RPRM

t(2;2)(p22;p21) MAP4K3/PRKCE

t(2;3)(p16;q26) KCNMB2/NRXN1

t(2;4)(p16;q13) BCL11A/EPHA5

t(2;5)(p16;p15) NRXN1/PLEKHG4B

t(2;5)(p11;p12) HCN1/FUNDC2P2

t(2;2)(q21;q22) MGAT5/HNMT

t(4;19)(q35;q13) CIC-DUX4

t(4;22)(q35;q12) EWSR1/DUX4

t(2;2)(q24;q24) STK39/B3GALT1

t(1;1)(p34;p34) SMAP2/MYCL

t(2;5)(q35;p13) USP37/OSMR

t(2;2)(q33;q33) ADAM23/SGOL2

t(2;6)(p24;p22) ID4/FAM84A

t(5;8)(p15;q13) AHRR/NCOA2

t(2;3)(p23;q12) TFG/ALK

t(2;16)(q24;q11) ANKRD26P1/SLC4A10

t(2;8)(p11;p21) SFTPB/DPYSL2

t(2;17)(p25;q21) CRHR1-IT1/ALLC

t(2;9)(p23;q31) ALK/PTPN3

t(2;18)(p24;q11) KLHL29/PSMA8

inv(6)(p13q25)

t(12;14)(q14;q11) HMGA2/CCNB1IP1

t(1;1)(p34;p34) ZMPSTE24/MFSD2A

t(2;10)(p23;p11) KIF5B/ALK

t(2;22)(p12;q12) EVA1A/TTC28

t(2;10)(p11;q22) SFTPA2/SFTPB

t(1;1)(q21;q21) TXNIP/NOTCH2NL

t(6;9)(q23;p23) MYB/NFIB

t(2;14)(p23;q32) KLC1/ALK

t(6;11)(p21;q12) TFEB truncated

t(6;12)(q22;q14.1) LRIG3/ROS1

t(2;19)(q11;q13) XRCC1/MAL

t(3;3)(p12;q29) PAK2/VGLL3

t(3;3)(q11;q13) ALCAM/EPHA6

t(3;3)(q12;q13) GSK3B/IMPG2

t(3;3)(p25;p25) TTLL3/MTMR14

t(1;1)(q25;q25) XPR1/TRMT1L

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1

t(12;14)(q14;q24) HMGA2/RAD51B

inv(7)(q21q34) AKAP9/BRAF

del(1)(q44q44) ZNF695/TFB2M

t(1;3)(q32;q27) SLC45A3/ETV5

t(3;3)(q13;q22) SLCO2A1/GUCA1C

del(8)(q12q24) HAS2/PLAG1

t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1

t(3;3)(q21;q22) RUVBL1/TMCC1

t(3;3)(q22;q22) PIK3CB/BFSP2

t(11;12)(q23;q15) HMGA2

t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1

t(1;7) (q32;q34) SLC45A3/BRAF

t(1;7)(q32;p21) SLC45A3/ETV1

t(11;16)(p11;p11) FUS/CREB3L1

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

t(12;16)(q24;q24) ZDHHC7/ABCB9

inv(22)(q12q12) EWSR1/PATZ1

t(13;13)(q12;q14) DLEU2/PSPC1

t(1;2)(p13;q35) CSF1/COL6A3

t(7;8)(q31;q12) COL1A2/PLAG1

inv(8)(q12q12) CHCHD7/PLAG1

ins(8)(q12;q11q11) TCEA1/PLAG1

t(1;2)(q25;p23) TPM3/ALK

t(1;12)(p34;q24) TRIT1/EP400

t(3;3)(q22;q22) TMCC1/C3orf36

t(3;3)(q24;q26) HLTF/OTOL1

t(3;3)(q25;q25) GMPS/C3orf55

t(3;3)(q25;q26) IQCJ/BCHE

t(7;12)(q22;q13-14) HMGA2

t(1;19)(p36;q13) UBE4B/TBCB

t(3;3)(q25;q27) PPM1L/MCF2L2

t(3;3)(q25;q28) PYDC2/C3orf79

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/BMP8B

t(8;21)(q24;q22) NDRG1/ERG

t(3;3)(q26;q26) ATP11B/SI

t(3;3)(p24;p24) EOMES/SLC4A7

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/DEM1

t(3;3)(q26;q26) PHC3/FNDC3B

t(3;3)(p21;p14) CACNA2D3/FLNB

t(3;9)(q12;q22) TFG/NR4A3

t(1;22)(p36;q11) SMARCB1/WASF2

t(9;15)(q22;q21) TCF12/NR4A3

t(1;22)(q23;q12) EWSR1/PBX1

t(9;17)(q22;p13) OMD/USP6

t(3;3)(q26;q27) CCDC39/MCF2L2

t(9;17)(q22;q11) AF15/NR4A3

t(1;3)(p36;q25) WWTR1/CAMTA1

inv(X)(p11q12) NONO/TFE3

t(X;1)(p11;p34) SFPQ/TFE3

t(X;1)(p11;q21) PRCC/TFE3

t(X;6)(q13;q22) COL4A5 and COL12A1

t(X;17)(p11;q25) ASPSCR1/TFE3

t(X;17)(p11;q25) ASPSCR1/TFE3

t(X;17)(p11;q23) CLTC/TFE3

t(X;18)(p11;q11) SS18/

t(X;18)(p11;q11) SS18/

t(X;20)(p11;q13) SS18L1/SSX1

inv(10)(q11q11) RET/NCOA4

inv(10)(q11q11) NCOA4/RET

t(3;3)(q21;q22) MGLL/SLCO2A1

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/RIMS3

t(3;3)(q26;q28) SOX2/TPRG1

t(3;3)(q27;q28) LPP/ST6GAL1

t(3;3)(q25;q25) CP/WWTR1

inv(10)(q11q21) CCDC6/RET

t(10;17)(q22;p13) YWHAE/NUTM2E

t(3;3)(q27;q29) EHHADH/SENP5

t(3;6)(p24;q16) UBE2E1/ASCC3

t(3;3)(q29;q29) LRCH3/MIR570

t(4;6)(p15;q22) SLC34A2/ROS1

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/RLF

t(3;4)(q26;p16) ATP11B/ZNF595

t(8;12)(p12;q15) HMGA2

t(3;8)(q27;q22) MCF2L2/MIR548A3

t(4;12)(q12;q12) SCAF11/PDGFRA

t(5;5)(q12;q12) ERBB2IP/MAST4

t(11;16)(q13;p13) C11orf95/MKL2

t(2;12)(q37;q14) HMGA2/ACKR3

t(1;5)(q42;q32) IRF2BP2/CDX1

t(11;19)(q21;p13) CRTC1/MAML2

t(11;19)(q11;q13) MALAT1

t(5;5)(q13;q13) ARHGEF28/UTP15

t(11;19)(q21;p13) CRTC1/MAML2

t(11;22)(p13;q11) EWSR1/WT1

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

t(11;12)(q23;q15) HMGA2

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

t(6;10)(p21;q22) HMGA1

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/ZNF643

t(5;5)(q31;q31) UBE2D2/MATR3

t(1;20)(p34;q11) BCL2L1/ZNF684

t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP

t(12;14)(q15;q24) HMGA2

t(6;14)(p21;q24) HMGA1

t(6;9)(q23;p24) MYB/NFIB

t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3

t(11;16)(p11;p11) FUS/CREB3L1

t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1

t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3

t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3

t(11;16)(q13;p13) C11orf95/MKL2

t(5;6)(q11;p22) IL6ST/KDM1B

t(5;6)(q33;q22) CD74/ROS1

t(3;8)(q29;p12) FYTTD1/WRN

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/DDIT3

t(11;22)(p13;q11) EWSR1/WT1

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1

t(3;11)(q26;p15) PDE3B/ATP11B

t(3;13)(q21;q33) TNFSF13B/MYLK

t(1;20)(p34;q11) PPT1/BCL2L1

t(3;17)(q25;p11) MAP2K3/SSR3

t(1;20)(p34;q11) RLF/HM13

t(5;6)(q33;q22) ROS1/CD74

t(14;22)(q32;q12) EWSR1/YY1

t(5;8)(p15;q22) CMBL/NDUFAF6

t(2;5)(p22;q14) BIRC6/BHMT2

t(15;19)(q14;p13) BRD4/NUTM1

t(5;10)(q35;q11) SGMS1/STK10

t(1;17)(p34;p13) THRAP3/USP6

t(5;12)(q33;q14) GRIP1/TNIP1

t(2;6)(q31;p12) RCAN2/RAPGEF4

t(3;17)(q29;q23) MIR21/WDR53

t(16;17)(q22;p13) CDH11/USP6

t(16;21)(p11;q22) FUS/ERG

t(3;19)(q27;q13) ACTN4/IGF2BP2

t(16;17)(q22;p13) CDH11/USP6

t(16;21)(q13;q22) HERPUD1/ERG

t(17;17)(p13;q21) COL1A1/USP6

t(6;6)(q22;q22) GOPC/ROS1

t(2;12)(p23;p13) CACNA2D4/WDR43

t(3;20)(q21;q13) SLC12A8/BCAS1

t(17;17)(q21;q24) DDX5/ETV4

t(17;17)(q25;q21) CANT1/ETV4

t(6;6)(q22;q22) TPD52L1/TRMT11

t(17;22)(q22;q13) COL1A1-PDGFB

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1

inv(6)(q22q25) EZR/ROS1

t(3;3)(p21;p21) NEK4/SFMBT1

t(6;7)(q22;p22) KDELR2/GOPC

t(3;21)(p11;q21) POU1F1/TMPRSS15

del(1p)

t(3;3)(p21;q23) RASA2/NICN1

t(6;7)(q22;p22) KDELR2/ROS1

t(3;3)(q13;q22) STAG1/STXBP5L

t(3;22)(q26;q11) ATP11B/TPTEP1

del(4)(p16p16) FGFR3/TACC3

t(19;22)(q13;q12) EWSR1/ZNF444

t(4;4)(q13;q22) CCSER1/UGT2A1

del(3)(q23q23) SPSB4/ACPL2

t(4;6)(p15;q22) SLC34A2/ROS1

t(4;8)(q13;q24) COX18/ZFAT

t(16;21)(p11;q22) FUS/ERG

t(12;13)(q14;q13) HMGA2/LHFP

del(22)(q13)

t(12;15)(p13;q26) ETV6/NTRK3

t(3;3)(q23;q24) SLC25A36/PLSCR1

t(4;9)(q13;q32) ADAMTS3/SNX30

t(12;15)(p13;q25) ETV6/NTRK3

t(3;9)(q12;q22) TFG/NR4A3

t(X;1)(p11;q21) PRCC/TFE3

t(1;22)(q23;q12) EWSR1/PBX1

t(X;1)(q23;q24) ACSL4/DCAF6

t(12;16)(q13;p11) FUS/ATF1

t(12;16)(q13;p11) FUS/DDIT3

t(X;20)(p11;p12) SPTLC3/MAOA

inv(X)(p11p11) BCOR/CCNB3

t(X;X)(p22;q13) EDA/MID1

inv(X)(p11.4p11.22) BCOR/CCNB3 in bone sarcoma

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1 in giant cell tumour of bone

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1 in rhabdomyosarcomas

t(11;22)(q24;q12) EWSR1/FLI1 in solid pseudopapillary tumour of the pancreas

t(12;22)(q13;q12) EWSR1/ATF1 in angiomatoid fibrous histiocytoma

t(16;21)(p11;q22) FUS/ERG

t(19;22)(q13;q12) EWSR1/ZNF444 in myoepithelial carcinoma

t(1;2)(q21;p23) TPM3/ALK

t(1;22)(q23;q12) in myoepithelioma

t(2;11)(p23;p15) CARS/ALK

t(2;17)(p23;q23) CLTC/ALK

t(2;19)(p23;p13) TPM4/ALK

t(2;2)(p23;q13) EWSR1/PBX1

t(2;2)(p23;q35) PAX3/NCOA1 in alveolar rhabdomyosarcoma

t(2;22)(q31;q12) EWSR1/SP3 in a small round cell tumour

t(2;22)(q34;q12) EWSR1/CREB1 in angiomatoid fibrous histiocytoma

t(4;19)(q35;q13) in pediatric undifferentiated soft tissue sarcomas

t(4;22)(q35;q12) EWSR1/DUX4 in embryonal rhabdomyosarcoma (ERMS)

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1 in hidradenoma of the skin

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1 in mucoepidermoid carcinoma of the salivary glands

t(6;22)(p21;q12) EWSR1/POU5F1 in undifferentiated sarcoma

t(8;21)(q24;q22) NDRG1/ERG in prostate cancer

Thyroid: Papillary Carcinoma with inv(7)(q21q34) AKAP9/BRAF

Subungual exostosis with t(X;6)(q13;q22)

Soft tissue tumors: t(1;13)(p36;q14) PAX7/FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma

Soft tissue tumors: t(2;13)(q35;q14) PAX3/FOXO1 in alveolar rhabdomyosarcoma

Soft tissue tumors: Synovial sarcoma: t(X;18)(p11;q11) SS18/

Soft tissue tumors: Alveolar soft part sarcoma: t(X;17)(p11;q25) ASPSCR1/TFE3

Soft Tissue Tumors: t(X;20)(p11;q13) SS18L1/SSX1 in Biphasic Synovial Sarcoma

Soft tissue chondroma with t(3;12)(q27;q15) HMGA2/LPP

Pericytoma with t(7;12)(p22;q13) ACTB/GLI1

Ovary: inv(10)(q11q11) RET/NCOA )in ovarian germ cell tumors

Myxoinflammatory fibroblastic sarcoma with t(1;10)(p22;q24) FGF8

Lung: t(6;12)(q22;q14.1) LRIG3/ROS1 in lung adenocarcinoma

Lung: inv(2)(p21p23) EML4/ALK in non-small cell carcinoma

Liver: t(11;19)(q11;q13) MALAT1 in Mesenchymal Hamartoma of the Liver

Kidney: inv(X)(p11q12) NONO/TFE3 in renal cell carcinoma

Kidney: t(10;17)(q22;p13) YWHAE/NUTM2E in Clear Cell Sarcoma of the Kidney

Kidney: t(6;11)(p21;q12) in renal cell carcinoma

Kidney: t(X;1)(p11;p34) SFPQ/TFE3 in renal cell carcinoma

Kidney: t(X;1)(p11;q21) PRCC/TFE3 in renal cell carcinoma

Kidney: t(X;17)(p11;q23) CLTC/TFE3 in renal cell carcinoma

Kidney: Primary renal t(X;17)(p11;q25) ASPSCR1/TFE3 tumor

Head and Neck: Pleomorphic salivary gland adenoma with ins(8)(q12;q11q11) TCEA1/PLAG1

Head and Neck: Pleomorphic salivary gland adenoma with inv(8)(q12q12) CHCHD7/PLAG1

Carcinoma with t(15;19)(q14;p13) BRD4/NUTM1

Bone: t(16;17)(q22;p13) CDH11/USP6 in aneurysmal bone cyst

Bone: t(17;17)(p13;q21) COL1A1/USP6 in aneurysmal bone cyst

Bone: t(1;17)(p34;p13) THRAP3/USP6 in aneurysmal bone cyst

Bone: t(3;17)(q21;p13) CNBP/USP6 in aneurysmal bone cyst

Bone: t(9;17)(q22;p13) OMD/USP6 in aneurysmal bone cyst